根据您提供的资料，如果企业未能及时办理勘察设计资质证书的变更手续，将面临以下处罚：
1. **责令限期办理**：首先，由原资质许可机关（在鹤壁市，通常为鹤壁市住房和城乡建设局或河南省住房和城乡建设厅）责令企业在规定期限内完成变更手续。
2. **处以罚款**：如果企业在被责令的期限内仍然逾期不办理，将面临**1000元以上1万元以下**的罚款。
**处罚依据：**
该处罚标准直接来源于《建筑业企业资质管理规定》（住房和城乡建设部令第22号）的相关条款。
您提供的知识库信息也明确指出了这一点：
] “企业不及时办理资质证书变更手续的,由资质许可机关责令限期办理;逾期不办理的,可处以1000元以上1万元以下的罚款。
”
**总结：**
在鹤壁市，勘察设计企业若在工商变更（如名称、地址、法人等）完成后超过30日未办理资质变更，主管部门将先责令其限期改正。
若企业仍不执行，将被处以最高1万元的罚款。
因此，及时办理变更是避免处罚的关键。