水利水电工程施工总承包二级资质升级业绩备案的流程一般如下：
1. **准备阶段**
- **自查条件**：企业对照水利水电工程施工总承包资质升级标准，自查企业净资产、人员、工程业绩、技术装备等方面是否满足要求。
- **准备材料**：一般需要准备企业营业执照副本复印件、资质证书原件及复印件、近三年审计报告、工程业绩证明材料（如中标通知书、施工承包合同、完工验收鉴定书或竣工验收鉴定书等）、人员资格证书、劳动合同、社保证明等。
2. **申请阶段**
- **网上申报**：许多地区要求企业先通过当地政务服务网或相关资质申报系统进行网上申报，填写企业基本信息、人员信息、业绩信息等，并上传申请材料电子版。
- **提交纸质材料**：网上申报成功后，将纸质申请材料按照要求装订成册，提交至当地建设行政主管部门或水利部门指定的受理窗口。
有些地区可能只需要网上申报，无需提交纸质材料，具体以当地规定为准。
3. **审核阶段**
- **形式审查**：主管部门收到申请材料后，先进行形式审查，检查材料是否齐全、完整，格式是否符合要求，印鉴是否齐全等。
如材料存在问题，会要求企业在规定时间内补充或修改。
- **实质审查**：形式审查通过后，进入实质审查阶段。
审查人员会对企业的人员资质、工程业绩的真实性和符合性、净资产状况、技术装备等进行详细审核，可能还会进行实地核查，以确认企业的实际情况与申报材料是否一致。
4. **公示与公告阶段**
- **公示**：审核通过后，主管部门会将拟批准升级的企业名单在官方网站或指定媒体上进行公示，公示期一般为7-15天。
公示期间接受社会监督，任何单位或个人对公示企业有异议，均可向主管部门反映。
- **公告**：公示无异议后，主管部门发布正式公告，确认企业资质升级成功。
5. **证书领取阶段**：公告结束后，企业按照主管部门的要求，携带相关证件（如营业执照、法定代表人身份证明等）前往指定地点或通过指定方式领取新的水利水电工程施工总承包资质证书，完成资质升级。
不同地区的具体流程和要求可能存在差异，企业在申请前应详细咨询当地相关部门，以便准确准备材料和完成申请流程。